L'imagerie MALDI
 
Même si l’identification de nouvelles protéines à partir d’échantillons biologiques complexes se démocratise, les techniques de protéomique ne permettent pas d’obtenir des informations quant à la localisation d’une protéine d’intérêt, ni de suivre l’évolution du profil d’expression de l’ensemble des peptides/protéines au sein de tissus.
 
L’analyse directe de tissus par spectrométrie de masse sur des instruments équipés d’une source MALDI, permet d’obtenir en une seule étape d’acquisition des images moléculaires de la distribution de molécules d’intérêt au sein de tissus. L’imagerie MALDI, introduite par l’équipe de Richard Caprioli (Vanderbilt University, Nashville, USA) est maintenant en plein essor et s’avère particulièrement adaptée pour la recherche in situ de marqueurs biologiques.Bien que différentes techniques soient décrites dans la littérature, l’identification de protéines détectées par imagerie MALDI reste très délicate. Protim a développé une méthode d’identification basée sur l’analyse top-down des protéines à partir d’homogénats de tissus fractionnés par HPLC.
 
Contrairement à l’approche bottom-up basée sur la digestion des protéines et classiquement employée en protéomique, l’approche top-down repose sur l’analyse de protéines entières. Elle offre donc l’avantage de préserver l’information concernant la masse de la protéine telle qu’elle est présente dans le tissu et détectée en imagerie MALDI. La corrélation avec les rapports m/z détectés en imagerie MALDI est donc facilitée. Cependant, il est important de garder à l’esprit que l’identification de protéines détectées en imagerie MALDI reste très difficile. Les protéines d'intérêt ne sont donc pas forcément identifiées.
 
Protim dispose d’un secteur complet d’imagerie par spectrométrie de masse MALDI
 
Le principe de cette technologie réside en un dépôt sur une cible MALDI de sections de tissus congelés, d’épaisseur de 10 à 20 μm. Un dépôt de matrice est ensuite réalisé sur la cryocoupe par nébulisation à pression atmosphérique.
L’échantillon est finalement introduit dans la chambre d’analyse sous vide du spectromètre. Un faisceau laser UV va irradier l’échantillon durant quelques secondes définissant ainsi une zone ablatée, appelée "spot", pour laquelle un spectre de masse est généré. L’expérience est répétée à intervalles réguliers sur la cible. 
 
Une fois la totalité de la zone d’analyse irradiée, un logiciel de retraitement permet de sélectionner des gammes de masse sur les différents spectres et de reconstituer des cartes de densité ionique, appelées images, des signaux sélectionnés. Chaque spot correspond à un pixel de l’image et la distance entre chaque spot à la résolution spatiale.
 
Cette technique permet de localiser simultanément plusieurs composés biologiques (protéines, peptides, lipides, sucres, métabolites) d’intérêt, directement sur un tissu et avec une résolution spatiale de l’ordre de 50 μm en routine.
 
Les principaux équipements dédiés :
Cryostat 3050S (Leica)
ChIP-1000 chemical inkjet printer (Shimadzu Biotech)
ImagePrep (Bruker Daltonics)
MALDI TOF Autoflex III Smartbeam (Bruker Daltonics)
MALDI TOF TOF UltrafleXtreme (Bruker Daltonics)
FTICR SolariX 7T Paracell combisource ESI/MALDI (Bruker Daltonics)
Nanomate LESA-enabled (Advion)
Vidéomicroscope BX51 (Olympus)