Phosphoprotéomique

L’analyse globale des protéines phosphorylées d’un échantillon complexe par spectrométrie de masse est un challenge important dans l’analyse des modifications post-traductionnelles puisque les phosphoprotéines sont des protéines peu abondantes et présentant une faible stœchiométrie. De plus cette modification est labile ce qui rend sa détection par spectrométrie de masse difficile. Pour pouvoir identifier le maximum de protéines phosphorylées dans un échantillon, il est donc nécessaire d’optimiser les étapes d’extraction protéique, d’enrichissement en phosphopeptides et d’analyse de ces phosphopeptides par spectrométrie de masse.

 

La méthode que nous utilisons pour l’analyse des phopshoprotéomes se base sur un enrichissement des peptides mono- et multiphosphorylés inspirée de la méthode SIMAC (Sequential Elution from IMAC) et sur la combinaison de trois méthodes d’acquisition par spectrométrie de masse différentes : un mode CID classique, un mode perte de neutre et un mode Multistage Activation.

 

Exemple de travaux réalisés sur notre site:
Colinet et al., 2017, Scientific Reports. 2017; 7(1): 1713. doi: 10.1038/s41598-017-01974-z.

 

Références:

Thingholm et al., 2008, Mol Cell Proteomics 7(4): 661-671. doi: 10.1074/mcp.M700362-MCP200

Engholm-Keller et al., 2013, Proteomics 13(6): 910-931. doi : 10.1002/pmic.201200484.