La technologie Label-Free
 
La technologie Label-Free regroupe différentes méthodes de quantification relative de protéines qui ne nécessitent pas de marquage isotopique.  Contrairement aux méthodes de quantification basées sur un marquage isotopique, les échantillons à comparer sont analysés séparément. Les méthodes Label-Free fournissent donc un résultat de quantification moins précis que les méthodes  basées sur le marquage isotopique mais elles permettent de comparer un plus grand nombre d’échantillons et constituent donc une alternative très intéressante.

Les approches Label-Free sont basées soit sur l’intensité des peptides détectés, soit sur le nombre de spectres MS/MS acquis pour chaque peptide (spectral count). Protim utilise ces deux approches et s’appuie sur les outils de quantification Label-Free du logiciel Proline développé par ProFi (Infrastructure Française de Protéomique ; www.profiproteomics.fr). Nous utilisons également la méthode « Top 3 » basée sur la mesure d’intensité des 3 peptides les plus intenses disponible dans le logiciel ProteomeDiscoverer (Thermo Scientific) utilisé pour l’analyse des données Orbitrap.
 
 

Exemple d’application:
Recherche de protéines différentiellement exprimées dans des cellules ou des tissus après traitement ou induites par un état pathologique

Comparaison de deux échantillons plus ou moins complexes
 
Champs d’application :
Protéines cytosolubles et membranaires

Fluides biologiques
 
Exemple de travaux réalisés sur notre site:
Becker et al., 2017, J Proteomics.; 156: 5-19. doi: 10.1016/j.jprot.2016.12.016.

Colinet et al., 2017 Scientific Reports. 2017; 7(1): 1713. doi: 10.1038/s41598-017-01974-z.