Protim mène plusieurs programmes de Recherche à forte composante technologique, financés sur des contrats qui lui sont attribués spécifiquement (ANR, FP7, InterReg IV, Horizon2020, FRM). Nos développements technologiques sont principalement conduits sur un modèle particulier : la spermatogenèse.
 
A ce titre, la plate-forme est impliquée dans un programme de décryptage à grande échelle du protéome de la sphère génitale humaine normale et pathologique (testicule, épididyme, vésicules séminales et prostate). Une priorité est donnée à la caractérisation de protéines de la lignée germinale suceptibles de jouer un rôle clé dans le contrôle de la spermatogenèse.
 
Une part significative de nos travaux est réalisée dans le cadre du Human Proteome Project. A ce titre, nous sommes membres de l'initiative française Chromosome 14 du c-HPP.
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  • Protéomique systématique et intégrative
 
Nos travaux concernent l’atteinte de hautes cadences d’analyse sur des extraits cellulaires et biofluides (Lavigne et al., 2012).
 
Nous nous intéressons également à l’amélioration des méthodes de traitement des spectres de masse et d’identification des protéines. Les approches actuellement utilisées reposent sur la spectrométrie de masse Shotgun et Label-free.
 
Nous avons développé une approche de sélection de protéines d’intérêt par protéomique intégrative qui utilise a minima les jeux de données d’expression transcriptomique pour la fouille des listes de protéines issues de programmes d’analyse systématique ou différentielle (Com et al., 2014).Cette approche est particulièrement pertinente par exemple pour la mise en évidence de biomarqueurs à partir de fluides biologiques (Rolland et al., 2013), mais également pour la sélection de protéines impliquées dans un phénomène biologique d'intérêt (Chalmel/Com et al., 2014).
 
Un ensemble d'outils spécifiques est actuellement développé par la plate-forme sous environnement Galaxy.

Enfin, nous participons au projet e-Biogenouest. Ce projet vise à intégrer et exploiter au mieux les données issues des différentes plates-formes technologiques de Biogenouest dans le but de promouvoir une approche systémique de la biologie.
 
  • Imagerie par spectrométrie de masse
 
Nos travaux sont axés sur le développement de solutions innovantes pour la toxico-protéomique. Ils ont pour finalité d'aider à mieux comprendre les mécanismes qui sous-tendent la toxicité de petites molécules (toxiques environnementaux, molécules pharmaceutiques) au sein d'un organe. Nos efforts sont portés en priorité sur la co-localisation de protéines et petites molécules, leur quantification in situ (ISAQTM) (Lagarrigue et al., 2014) et la démonstration de leur interaction.
 
Nos travaux concernent également l’amélioration de la résolution latérale (Lagarrigue et al., 2011) et le développement d'algorithmes d'analyse statistique des images moléculaires (Lagarrigue et al., 2012). Enfin, Protim est partenaires des projets européens 3D-Massomics et Metaspace dont les objectifs sont le développement de l'imagerie MALDI tri-dimensionnelle et des outils bioinformatiques associés.
 

Les développements, optimisations et innovations méthodologiques réalisés dans chacun de ces programmes sont directement mis en application dans le cadre de nos activités collaboratives