Protéomique à large échelle et différentielle

Protim propose la caractérisation de mélanges complexes de protéines et leur quantification relative dans différents échantillons, par divers modes d’acquisition (DDA-PASEF ou DIA-PASEF) et diverses approches de quantification sans marquage (Label-free).

Les approches sans marquage sont basées soit sur l’intensité des peptides détectés, soit sur le nombre de spectres MS/MS acquis pour chaque peptide (spectral count). Protim utilise ces deux approches et s’appuie sur les outils de quantification Label-Free du logiciel Proline développé par ProFi (Infrastructure Française de Protéomique ; www.profiproteomics.fr). Pour les approches de types DIA, Protim utilise le logiciel Specronaut® (Biognosys). 

Protim travaille régulièrement avec des échantillons précieux disponibles en petites quantités tels que des embryons, des organoïdes ou des cellules souches pluripotentes induites (< 1 µg). Nous atteignons une couverture approfondie du protéome  grâce à la combinaison de trois facteurs : 1) l’optimisation de la préparation des échantillons; 2) le travail dans un environnement contrôlé sans kératine (salle blanche); 3) la performance de la 4D-ProteomicsTM grâce au spectromètre timsTOF Pro.  

 

Exemple d’application:
Recherche de protéines différentiellement exprimées dans des cellules ou des tissus après traitement ou induites par un état pathologique

Comparaison de deux échantillons plus ou moins complexes

Champs d’application :
Protéines cytosolubles et membranaires

Fluides biologiques

Exemple de travaux réalisés sur notre site:

Banliat C, Mahe C, Lavigne R, Com E, Pineau C, Labas V, Guyonnet B, Mermillod P and Saint-Dizier M (2022). Front Cell Dev Biol 10:863700

Girard O, Lavigne R, Chevolleau S, Onfray C, Com E, Schmit PO, Chapelle M, Freour T, Lane L, David L and Pineau C (2023) J Proteome Res 22(4):1148-1158