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Nos travaux concernent l’atteinte de hautes cadences d’analyse sur des extraits cellulaires et biofluides (Lavigne et al., 2012).

 

Nous nous intéressons également à l’amélioration des méthodes de traitement des spectres de masse et d’identification des protéines. Les approches actuellement utilisées reposent sur la spectrométrie de masse Shotgun et Label-free.

 

Nous avons développé une approche de sélection de protéines d’intérêt par protéomique intégrative qui utilise a minima les jeux de données d’expression transcriptomique pour la fouille des listes de protéines issues de programmes d’analyse systématique ou différentielle (Com et al., 2014).Cette approche est particulièrement pertinente par exemple pour la mise en évidence de biomarqueurs à partir de fluides biologiques (Rolland et al., 2013), mais également pour la sélection de protéines impliquées dans un phénomène biologique d'intérêt (Com/Chalmel et al., 2014).

 

Un ensemble d'outils spécifiques est actuellement développé par la plate-forme sous environnement Galaxy.

 

 

Nos travaux sont axés sur le développement de solutions innovantes pour la toxico-protéomique. Ils ont pour finalité d'aider à mieux comprendre les mécanismes qui sous-tendent la toxicité de petites molécules (toxiques environnementaux, molécules pharmaceutiques) au sein d'un organe. Nos efforts sont portés en priorité sur la co-localisation de protéines et petites molécules, leur quantification in situ (Lagarrigue et al., 2014) et la démonstration de leur interaction.

 

Les études pharmacocinétique sont essentielles au développement de nouveaux agents thérapeutiques. L'obtention de données de biodistribution repose sur l'autoradiographie quantitative corps entier (WBQA) mais l'imagerie MALDI est considérée ici comme une alternative intéressante pour l'industrie pharmaceutique (Merdas et al., 2021a). Dans ce cadre, Protim développe et optimise des méthodes de dérivation chimique sur coupes de tissus qui permettent d'améliorer in situ la détectabilité des petites molécules (médicaments, toxiques environnementaux) (Merdas et al., 2021b).

 

Enfin, Protim a été partenaire des projets européens 3D-Massomics et Metaspace dont les objectifs étaient le développement de l'imagerie MALDI tri-dimensionnelle et de méthodes d'annotation automatique d'images MALDI haute-résolution pour la métabolique in situ (Palmer et al., 2015; Palmer et al., 2017). Nos derniers travaux bénéficient des avancées que nous avons réalisées dans ces domaines (Lagarrigue et al., 2020).